Durch die im Gewässer lebenden Organismen werden Schadstoffe und überschüssigen Nährstoffe wie Stickstoff und Phosphor abgebaut. Eine zu starke Schadstoffbelastung mit Chemikalien, Schwermetallen und/oder Pestiziden und Düngemitteln schädigt allerdings die im Gewässer lebenden Organismen und reduziert somit die Selbstreinigungskraft von Fließgewässern.